FTA 원산지 검증에 따른 관세 가산세 폭탄, 특수관계자 사이에도 '정당한 사유'로 취소받는 비결

FTA 원산지 검증에 따른 관세 가산세 폭탄, 특수관계자 사이에도 '정당한 사유'로 취소받는 비결 (대법원 2023. 3. 16. 선고 2022두69391 판결)

들어가며..

이 글은 실제 발생한 법원의 판결 내용을 바탕으로, FTA 협정관세 배제 및 그에 따른 가산세 부과 처분에서 납세자에게 인정되는 핵심 쟁점을 설명하기 위해 작성되었습니다. 이 글에서 다루는 법리적 판단과 구체적인 판단 기준은 해당 판례의 사실관계를 전제로 하고 있습니다. 향후 관련 법령이 개정되거나 대법원의 판례가 변경되는 경우에는 동일한 유형의 사건이라 하더라도 법적 판단이 달라질 수 있습니다. 따라서 이 글의 내용은 오직 FTA 원산지 검증과 가산세 면제에 관한 전반적인 법리를 이해하는 참고 용도로만 활용하여야 하며, 개별적인 세무 및 통관 분쟁에 대해서는 반드시 법률 전문가의 구체적인 자문을 구하셔야 합니다.

사건의 경위와 사실관계

수입업자인 A 유한책임회사는 산업용 부품을 수입하여 국내에 유통하는 기업으로, 독일에 본사를 둔 다국적 기업 B 회사의 한국 내 자회사입니다. A 회사는 동일한 B 그룹의 계열사이자 영국에 위치한 C 회사로부터 기계 부품을 수입하였는데, 두 회사는 세법상 '특수관계'에 해당하는 특수한 관계였습니다.

A 회사는 2021년 1월 1일부터 2023년 12월 31일까지 C 회사로부터 총 15건에 걸쳐 특정 기계 부품을 수입하였습니다. 당시 영국 세관으로부터 공식적인 '인증수출자' 지위를 부여받은 C 회사는 해당 수입 물품들에 대해 총 25건의 원산지신고서를 발급해 주었습니다. A 회사는 수입신고 당시 이 원산지신고서들을 과세당국에 제출하면서 대한민국과 유럽연합 간의 자유무역협정에 따른 낮은 협정관세율의 적용을 신청하여 무사히 통관을 완료하였습니다.

여기서 일반 독자들의 이해를 돕기 위해 '인증수출자'와 '가산세', 그리고 '정당한 사유'라는 어려운 법률 용어를 먼저 쉽게 설명해 드리고자 합니다.

• 인증수출자: 세관 당국이 원산지를 정확하게 판정하고 증명할 수 있는 능력이 있다고 공식적으로 인정한 수출자입니다. 수입자는 인증수출자가 작성한 원산지신고서를 믿고 관세 혜택을 신청하게 됩니다.

• 가산세: 세액 신고를 적정하게 하지 못했거나 세금을 제때 내지 않았을 때, 세법 질서를 유지하기 위해 국가가 원래 내야 할 세금에 더하여 벌금처럼 추가로 얹어서 징수하는 행정적인 제재금입니다. 가산세는 고의나 과실이 없더라도 원칙적으로 부과되는 매우 엄격한 성격을 지니고 있습니다.

• 정당한 사유: 가산세라는 무거운 제재를 피할 수 있는 유일한 예외 조항입니다. 납세자가 세법상 의무를 제때 알지 못했거나 올바른 신고를 기대하는 것이 객관적으로 도저히 불가능했다고 볼 만한 타당한 사정이 있을 때 인정되는 면제 사유입니다.

A 회사가 기계 부품을 원활하게 유통하던 중, 서울세관장은 2024년 8월 31일 수입 물품의 원산지에 대한 서면조사를 개시하였습니다. 과세당국은 조사 과정에서 원산지 충족 여부를 자체적으로 판단하기 곤란해지자, 2025년 2월 19일 영국 관세당국에 원산지 확인을 공식 요청하였습니다. 이에 대해 영국 관세당국은 2025년 6월 13일 다음과 같은 검증 결과를 회신하였습니다. 검증을 진행한 총 20개의 물품 모델 중 대부분은 원산지 결정기준을 만족하지만, 3개 모델에 대해서는 생산 과정에서 사용된 인도산 원재료의 가격 비율이 수입 시기에 따라 변동되어 부가가치 기준(비원산지 재료 비율 50% 이하)을 충족하지 못했다는 내용이었습니다.

과세당국은 영국 세관의 회신에 기초하여 해당 3개 모델에 대한 협정관세 적용을 배제하고 일반 관세율을 적용하여 A 회사에게 부족한 관세와 부가가치세, 그리고 이에 따른 막대한 가산세를 아래와 같이 경정하여 고지하였습니다.

수입신고 구분	세액 고지일	경정 부과 관세	관세 가산세	경정 부가가치세	부가세 가산세
제 D 호 외 14건	2025년 10월 4일	15,000,000원	5,500,000원	1,500,000원	550,000원

A 회사는 FTA 원산지 기준을 사후적으로 충족하지 못해 발생한 추가 관세와 부가가치세 본세는 성실히 납부하였습니다. 그러나 수출자가 발행한 완벽한 형식의 원산지신고서를 신뢰하고 성실히 수입신고를 마친 자신에게 수백만 원에 달하는 가산세까지 부과하는 것은 가혹하다며 가산세 부과 처분을 취소해 달라는 소송을 제기하게 되었습니다.

주제와 핵심쟁점

이 글에서는 해외 수출자가 발행한 원산지신고서의 실질적 내용이 사후 검증 결과 허위로 드러난 경우, 과연 수입자에게 세액 부족 신고의 책임을 물어 가산세를 부과하는 것이 타당한지 여부를 중점적으로 분석하고자 합니다. 법원에서 치열하게 다투어진 핵심 쟁점은 다음의 세 가지로 정리할 수 있습니다.

핵심쟁점	세부 분석 요지
쟁점 1. 형식상 하자가 없는 원산지신고서 제출과 수입자의 검증 의무	인증수출자가 발행한 완벽한 서류를 신뢰한 수입자에게 추가적인 원재료 분석 의무까지 요구할 수 있는지 여부
쟁점 2. 특수관계가 수출자의 영업비밀 공유 가능성에 미치는 영향	계열사 관계라는 이유만으로 수출자의 고유 영업비밀인 세부 원가 정보를 당연히 공유받을 수 있었다고 판단할 수 있는지 여부
쟁점 3. '정당한 사유'의 성립 여부와 신고·납부 당시의 기대가능성	환율 및 재료비의 수시 변동 상황 속에서 수입자가 거래 전후로 취한 조치들이 가산세를 면제할 만한 정당한 사유에 해당하는지 여부

쟁점별 세부 분석 및 법원의 판단

위 세 가지 핵심 쟁점에 대하여 수입자와 과세당국의 구체적인 주장 및 대법원과 고등법원이 내린 판단 근거를 상세히 설명해 드리겠습니다.

쟁점 1. 형식상 하자가 없는 원산지신고서 제출과 수입자의 검증 의무

수입자인 A 회사는 수입신고 시 영국 세관이 승인한 인증수출자인 C 회사가 직접 작성하고 서명한 원산지신고서를 빠짐없이 제출하였습니다. 해당 신고서에는 한-EU FTA 협정문과 관련 규칙이 정한 필수 신고문안이 누락 없이 기재되어 있었으며, 형식적인 흠결은 전혀 발견되지 않았습니다. 과세당국 또한 신고서 자체의 형식적 유효성에 대해서는 이의를 제기하지 못했습니다.

다만 과세당국은 수입자가 세액을 스스로 계산하여 신고하는 신고 납세 제도 하에서는 단순히 형식적인 서류를 확인하는 수준에 그쳐서는 안 되며, 수입물품의 생산에 사용된 인도산 원재료의 정확한 가격 비율을 사전에 직접 확인했어야 한다고 주장하였습니다.

법원은 과세당국의 이러한 가혹한 주장을 받아들이지 않았습니다. 한-EU FTA 협정이 규정하는 인증수출자 제도는 신뢰성이 높은 우수 수출자에게 원산지 증명 절차를 간소화해 주기 위해 마련된 제도입니다. 이러한 제도적 취지를 감안할 때, 수입자가 공인된 인증수출자가 공식 서명하여 제공한 원산지신고서를 그대로 신뢰하고 협정관세를 적용받은 것은 지극히 정상적인 거래 방식입니다.

나아가 수입자에게 인증수출자의 선언을 넘어 해당 물품에 들어간 아주 세부적인 원재료와 부품의 원산지 정보까지 추가로 직접 조사하고 검증하도록 요구하는 법적 의무를 지울 수는 없다고 명확히 판시하였습니다. 만약 수입자에게 매 통관 시점마다 이러한 이중 검증 의무를 강제한다면, 통관을 원활하게 하여 무역을 활성화하고자 만든 FTA 인증수출자 제도의 근간이 흔들릴 수 있기 때문입니다.

쟁점 2. 특수관계가 수출자의 영업비밀 공유 가능성에 미치는 영향

과세당국은 A 회사와 수출자인 C 회사가 독일의 동일한 글로벌 그룹 산하에 있는 자회사들이기 때문에 일반적인 독립 기업 간의 거래와는 다르다고 강조하였습니다. 양사가 법률상 특수관계에 있는 만큼, 수입자가 해외 계열사에게 요구하기만 하면 비원산지 원재료의 수입 시기나 상세 구매 가격과 같은 원가 분석 자료를 실시간으로 손쉽게 얻을 수 있었을 것이라는 논리였습니다. 따라서 이러한 정보 획득을 게을리한 것 자체가 가산세 부과의 정당한 근거가 된다는 입장이었습니다.

그러나 법원은 다국적 기업 계열사 간의 거래 구조를 면밀히 분석하여 현실적이고 합리적인 판단을 내렸습니다.

A 회사와 C 회사는 비록 같은 글로벌 그룹 내에 소속되어 있으나, 서로 엄연히 다른 국적을 가지고 독립적인 법인격을 유지하며 경영 활동을 수행하는 별개의 회사들입니다. 양사 사이에 직접적인 지배나 종속 관계가 존재하지도 않았습니다. 기본적으로 어떤 제품의 판매 가격을 결정하는 핵심 요소인 구체적 원재료 가격이나 마진 비율 등은 회사의 극비 영업비밀에 해당합니다. 아무리 계열사 관계라 하더라도 이러한 내부 기밀 정보를 상대방에게 거리낌 없이 상시 공개한다는 것은 기업 경영의 경험칙과 거래의 실태에 완전히 배치되는 일입니다.

실제로 A 회사와 C 회사는 서로 완전히 다른 독립적인 전산 시스템과 원산지 판정 시스템을 운영하고 있었습니다. 비록 C 회사가 A 회사에게 운송비가 제외된 물품 단가 리스트를 제공한 사실이 인정되지만, 이는 단순한 판매 단가 자료의 공유일 뿐이어서 수입자인 A 회사가 이 정보만으로 비원산지 재료비의 미세한 비중 변동이나 실제 FTA 기준 충족 여부까지 계산해 내는 것은 불가능했습니다. 최근에는 모회사와 자회사 사이 혹은 계열사 상호 간에도 엄격한 영업 비밀 관리 및 컴플라이언스 기준에 따라 정보를 공유하지 않거나 공유 요청을 거부하는 사례가 결코 드물지 않다는 점 역시 고려되었습니다.

따라서 단순히 법률상 특수관계가 있다는 사정만으로 수출자의 통제 영역에 있는 원가 자료를 당연히 알 수 있었다거나, 이를 공유받지 못했다는 이유로 수입자에게 올바른 세액 신고를 해태한 책임을 전가할 수는 없다고 보았습니다.

쟁점 3. '정당한 사유'의 성립 여부와 신고·납부 당시의 기대가능성

가산세를 면제할 정당한 사유가 있었는지를 판단할 때는 조세 분야의 매우 중요한 참조판례인 대법원 2017두41108 판결 등의 원칙이 그대로 적용됩니다. 이 참조판례에 따르면, 세법상 가산세를 면할 정당한 사유가 있는지 여부는 원칙적으로 수입신고 및 세액 납부 의무가 발생한 개별 신고 당시의 기한을 기준으로 엄격하게 판단해야 합니다.

이러한 법리에 입각하여 A 회사의 신고 당시 상황을 살펴보면 다음과 같은 구체적인 사정들이 밝혀졌습니다.

첫째, A 회사는 기계 부품의 수입을 본격적으로 시작하기 전인 2020년 1월경, 영국의 C 회사 담당자들과 대면 회의를 개최하였습니다. 이 회의에서 A 회사는 수입 예정인 기계 부품들이 한-EU FTA 관세 인하 혜택을 완벽히 받을 수 있는지 직접 상세히 문의하였고, C 회사로부터 모든 FTA 원산지 요건을 확실히 충족한다는 내용이 포함된 공식 협의 문건을 확보하는 등 사전 검토를 철저히 이행하였습니다.

둘째, A 회사는 통관 이후인 2022년 5월경 과세당국으로부터 자율점검 안내문을 받자마자 영국 세관이 C 회사에 발급했던 공식 인증수출자인증서 사본을 신속하게 확보하여 제출하는 등 수입자로서 할 수 있는 성실한 협조 의무를 다하였습니다. 이후 2024년 4월에 다시 추가 자율점검 요구가 오자, 즉시 영국 수출자에게 상세한 원산지 오류 여부를 재차 확인하는 메일을 보내 자사 수입 물품의 적법성을 중복하여 체크하였습니다.

셋째, 기 기계 부품들의 원재료인 인도산 원재료 가격과 관련 국제 환율은 수입이 지속된 3년 동안 시시각각 매우 불규칙하게 요동쳤습니다. 수입자인 A 회사 입장에서는 해외 제조업체가 이 인도산 원재료를 구체적으로 언제, 얼마의 단가와 환율을 적용하여 구매했는지까지 매 수입 신고 시점마다 파악하여 원산지 기준 충족 비율을 실시간으로 다시 계산한다는 것은 객관적으로 불가능한 영역이었습니다.

실제 영국 관세당국의 현지 검증에서도 총 20개 모델 중 단 3개 모델에 대해서만 원산지 불충족 결정이 났으며, 심지어 동일한 모델 안에서도 불과 1~10일의 통관 기간 차이에 따라 원산지 판정 결과가 수시로 바뀌었습니다. 이는 수입자가 사전에 불충족 가능성을 합리적으로 예측하여 정확히 신고하는 것이 얼마나 불가능했는지를 잘 보여주는 대목입니다.

마지막으로, 내부 행정규칙인 'FTA 협정관세 적용물품에 대한 가산세 및 보정이자 면제에 관한 지침'의 내용 역시 고려되었습니다. 비록 이러한 내부 지침이 대외적으로 법원이나 국민을 직접 기속하는 법적 효력은 없으나, 세법상 정당한 사유의 범위를 조화롭게 해석하는 데 유용한 기준이 됩니다.

이 지침에서는 수입자와 수출자가 특수관계인 경우 '조건부 가산세 면제' 대상으로 삼아 심사하도록 정하고 있습니다. 그 구체적 요건으로는 ① 거래 상대방이 유효한 인증수출자인지 확인하였는지, ② 수입자가 계약 서류나 상업 송장 등 수입 단계에서 확인 가능한 무역 서류의 특이사항을 적절히 체크하였는지, ③ 원산지신고서의 형식적 기재 요건 및 유효기간을 꼼꼼히 대조했는지 여부 등이 포함됩니다.

A 회사는 통관 당시에 자신들이 열람할 수 있었던 계약서나 인보이스 등의 서류를 완벽히 검토하여 오류가 없음을 확인하였고, 수출자의 인증수출자 자격도 확실하게 체크하였기 때문에 위 내부 지침의 면제 조건마저 모두 충족하고 있었습니다.

따라서 법원은 납세자인 A 회사에게 신고 기한 당시를 기준으로 올바른 세액 신고를 완벽하게 이행하라고 기대하는 것 자체가 지나치게 가혹하여 무리라고 보았고, 의무 해태를 탓할 수 없는 아주 충분하고도 '정당한 사유'가 존재한다고 결론지었습니다.

승소 전략 및 대응 방안

이 사건 대법원 판결을 철저히 분석해 보면, 향후 관세 사후 검증으로 인해 억울한 관세 가산세 독촉을 받게 된 수입 기업들이 소송이나 불복 절차에서 확실하게 승소할 수 있는 구체적인 전략을 세울 수 있습니다.

우선, 거래를 시작하기 이전 단계부터 매우 세밀하고 객관적인 원산지 보증 문서를 확보해야 합니다. 단순히 구두나 전화 통화로 FTA 기준을 만족한다는 답변을 얻는 것에 그쳐서는 안 되며, 수입할 모델들의 물리적 명세와 원산지 결정기준 충족 여부를 상대방 전문가와 서면으로 깊이 있게 논의한 후, 양사 실무 책임자가 직접 날인한 공식 회의록이나 거래 전 사전 확인서(Confirm Letter) 형태로 영구 보존해야 합니다. 이러한 사전 확인 노력은 훗날 가산세 불복 소송에서 수입자가 신의성실의 원칙에 따라 최선을 다했음을 보여주는 가장 가치 있는 입증 자료로 작용합니다.

또한, 수입 전산망과 내부 통제 프로세스를 정비하여 과세당국의 가산세 면제 지침상 체크리스트를 상시 준수하고 있음을 기록으로 남겨야 합니다. 통관 시점마다 상대방 인증수출자 자격의 유효성을 실시간으로 조회하여 출력 보관하고, 원산지신고서의 유효기간과 영문 오탈자, 그리고 기재 문안이 협정문과 완벽하게 일치하는지 여부를 검토한 자체 'SOP(표준업무절차) 점검표'를 작성해 둘 필요가 있습니다.

나아가 과세당국이 수입자와 수출자 간의 지분 구조나 그룹 계열사 관계를 앞세워 정보 접근이 쉬웠을 것이라고 밀어붙일 때를 대비하여, 양사의 경영 체계가 완벽히 독립적으로 굴러가고 있음을 입증해야 합니다. 본사와 별개로 작동하는 독자적인 자사 전산 인프라 구성 현황, 양사 간에 임직원이 겹치지 않는 인사 구조, 수출자가 자사 내부의 원가나 제조 마진 테이블에 대해 기밀로 취급하여 외부 공유를 제한한다는 내용의 내부 정보 보안 정책서나 이와 결부된 양사 간 기밀유지약정서(NDA)를 미리 구비해 놓는다면 특수관계라는 프레임에서 효과적으로 탈출할 수 있습니다.

마지막으로, 해외에서 조달되는 다양한 원자재의 극심한 가격 변동폭과 이에 따른 외환 환율 변동 추이를 시계열 데이터로 꼼꼼하게 정리해 두어야 합니다. 검증 대상 모델의 원산지 충족 여부가 수입 신고 시점의 원자재 시세나 환율에 따라 불가피하게 롤러코스터를 탈 수밖에 없었다는 사정을 객관적인 경제 지표를 인용하여 재판부에 증명해야 합니다.

이렇게 예측 불가능한 시장 요인으로 발생한 오신고였음을 효과적으로 밝혀낸다면 법원으로부터 가산세를 부과하는 것이 객관적으로 불가능했다는 사정을 쉽게 인정받을 수 있습니다.

실무적 시사점

이번 대법원의 판결은 다국적 계열사를 통하여 다양한 원자재와 중간재를 복잡하게 들여오는 국내 수입 업계에 매우 지대하고도 환영할 만한 실무적 이정표를 안겨 주었습니다.

무엇보다 과세당국이 해외 특수관계인과의 거래라는 이유를 들어 납세자인 수입업자에게 실현 불가능한 원가 실사 의무까지 광범위하게 확대하여 부당하게 가산세 폭탄을 무차별 적용하던 오랜 행정 편의주의적 부과 관행에 강력한 쐐기를 박았습니다. 법원이 다국적 기업 계열사 상호 간에도 영업비밀 유지가 필연적으로 요구되며 각 법인의 독립적인 성격이 철저히 존중되어야 한다는 시장의 생생한 비즈니스 현실을 규범적으로 훌륭히 수용한 결과로 볼 수 있습니다.

또한 수입자가 인증수출자가 서명한 정상적인 원산지신고서를 수령하여 성실히 수입신고를 마친 상태라면, 사후에 수출국의 갑작스러운 사정이나 미세한 시세 변동 탓에 기준을 일시 탈락한 사정만으로 함부로 과태료나 가산세 같은 징벌적 불이익까지 안겨선 안 된다는 점을 확실히 정립해 주었습니다. 이는 FTA 관세 혜택을 이용해 정당한 사업을 영위하는 건전한 일반 납세자들을 국가의 과도한 과세권 남용으로부터 보호하는 매우 든든한 보호막이 생겼음을 시사합니다.

맺음말 및 책임제한 문구

이 사건 대법원 판결은 FTA 수입 거래 시 예기치 못한 원산지 자격 박탈 사건이 벌어지더라도 수입자가 자신의 의무를 성실하게 수리했다면 무거운 가산세 제재금만큼은 충분히 면제받을 수 있는 소중한 희망의 법리를 다시 한번 확고히 다져 주었습니다. 다만, 현실의 개별 조세 및 무역 거래 사건은 기업의 지분 비율, 무역 조건, 계약 서류의 세부 조항 등 구체적인 사실관계에 따라 결과가 완전히 다르게 도출될 수 있습니다.

그러므로 이 글의 내용은 법리적 감각을 조율하는 가이드라인으로만 사용해 주시고, 실제 세무 검증을 목전에 두셨거나 가산세 취소 심판을 고려 중이시라면 반드시 전문 변호사와 즉각적으로 긴밀하게 면담하시어 직접적인 대안을 마련하실 것을 조언드립니다. 필자는 독자가 이 글의 일반적인 내용만을 신뢰하여 단독으로 행한 법적 선택에 대해서 책임을 지지 않습니다.