건물 멸실 조건부 토지 거래 시 양도소득세 필요경비 인정 기준과 대물변제 양도시기 분석

건물 멸실 조건부 토지 거래 시 양도소득세 필요경비 인정 기준과 대물변제 양도시기 분석 (전주지방법원 2025구단1071)

들어가며..

이 글은 실제 판례의 내용을 바탕으로, 그 핵심 쟁점을 일반 납세자와 실무자들이 이해하기 쉽게 설명하기 위한 글입니다. 이후의 입법으로 법이 변경되거나 판례가 변경된 경우에는 동일하게 적용되지 않을 수 있으므로, 법리를 이해하기 위한 참고 용도로만 활용하셔야 합니다.  

주제 및 핵심 쟁점

이 글에서는 매수인의 요구에 따라 계약 체결 후 건물을 철거하고, 이후 사정 변경으로 인해 대물변제 방식으로 토지의 소유권을 이전한 경우에 발생하는 세법적 문제를 다룹니다. 핵심적인 주제는 물리적으로 이미 사라져 버린 건물의 신축 비용을 토지 양도소득세 계산 시 필요경비로 공제받을 수 있는지 여부입니다. 아울러 채무 변제에 갈음하여 부동산 소유권을 넘겨주는 대물변제 거래에서 세법상 양도 시기를 결정하는 구체적인 기준이 무엇인지도 함께 살펴봅니다.  

많은 납세자가 매수인의 신축 편의를 위해 건물을 철거해 주었다가, 등기부상에 건물이 없다는 이유로 세무서로부터 거액의 양도소득세를 부과받는 곤경에 처하곤 합니다. 이 글에서는 이러한 실무적 갈등을 해결하는 법원 판단의 흐름을 쟁점별로 규명하고자 합니다.  

사실관계 정리

이해를 돕기 위해 실제 판례의 기본적인 인과관계와 논리 구조를 해치지 않는 범위 내에서, 등장인물과 세액, 거래 일자 등을 알기 쉬운 숫자로 변환하여 정리하였습니다.  

개인 사업자 A는 2018년경 전주 지역의 여러 필지로 구성된 가동 토지를 총 11억 원에 매수하였습니다. A는 이 토지 위에 건축비 약 3억 원을 들여 2층 규모의 철골조 근린생활시설 건물을 신축한 뒤 2019년에 소유권보존등기를 마쳤습니다. A는 이 건물에서 약 5년 동안 성실하게 임대 사업을 영위해 왔습니다.  

이후 2024년 10월, A는 이 부동산을 개발하고자 하는 B 회사와 토지와 건물을 일괄하여 총 18억 원에 매도하기로 하는 매매계약을 체결하였습니다. 당시 계약서에는 B 회사가 해당 부지에 새로운 건물을 신축할 수 있도록 A가 잔금 지급 전에 기존 건물을 철거해 주기로 하는 특약사항이 포함되어 있었습니다. A는 이 약정에 따라 2024년 12월부터 2025년 2월까지 매매대금 18억 원을 모두 지급받았고, 2025년 3월에 건물을 철거하여 멸실시켰습니다.  

그러나 이후 토지에 제3자의 가압류가 설정되는 등 권리관계가 꼬이면서 일반적인 매매 형식으로 소유권을 이전하기가 어려워졌습니다. 이에 A와 B 회사는 이미 수령한 대금 18억 원을 A의 채무로 정리하고, 이 채무를 변제하는 데 갈음하여 토지의 소유권을 넘겨주기로 하는 대물변제 계약을 다시 체결하였습니다. 이에 따라 2026년 3월, 토지에 관해 B 회사 앞으로 대물변제를 원인으로 한 소유권이전등기가 마쳐졌습니다.  

A는 2026년 5월에 양도소득세 예정신고를 하면서 토지 취득가액 11억 원과 철거된 건물 취득가액 3억 원을 합한 금액을 필요경비로 신고하였습니다. 하지만 Y 세무서장은 소유권이 이전되던 2026년 3월 당시에는 이미 건물이 철거되어 존재하지 않았으므로 건물 취득가액 3억 원은 필요경비에서 제외되어야 한다고 보았습니다. 결국 Y 세무서장은 이 금액을 비용에서 제외하고 양도소득세 약 1억 6천만 원과 지방소득세 1천 6백만 원을 추가로 부과하는 처분을 하였습니다.  

구분	일자	가액 및 내용	세무상 의미
토지 취득	2018년 중	11억 원 매수	최초 취득 가액 설정
건물 신축	2019년 중	3억 원 지출	임대업용 건물 가치 형성
일괄 매매계약	2024년 10월	18억 원 계약	건물 철거 특약 포함
대금 수령 완료	2025년 2월	18억 원 수령	경제적 실질상 거래 완료
건물 철거 멸실	2025년 3월	건물 철거 완료	매수인의 신축을 위한 철거
대물변제 등기	2026년 3월	소유권 이전등기	법률상 부동산의 양도 시기
세무서 과세처분	2027년 4월	세액 약 1억 6천만 원 부과	소송의 대상이 된 과세 처분

쟁점별 분석 및 판단 근거

쟁점 1. 대물변제에 따른 부동산의 양도 시기와 세무상 제척기간의 판단

첫 번째 쟁점은 이 사건 토지가 세법상 '언제' 양도된 것으로 보아야 하는가입니다. 납세자 A는 실질적으로 2024년 10월의 매매계약과 2025년 2월의 대금 청산으로 거래가 끝났으므로 그때가 양도 시기이고, 따라서 세무서의 과세 처분은 국가가 세금을 부과할 수 있는 법적 기한인 부과제척기간을 지나서 이루어진 것이어서 무효라고 주장하였습니다.  

이에 대해 법원은 참조판례인 대법원 1991. 11. 12. 선고 91누8432 판결의 법리를 원용하여 엄격하게 판단하였습니다. 대물변제는 기존에 갚아야 할 돈을 주는 대신 다른 물건을 실제로 넘겨줌으로써 성립하는 '요물계약'입니다. 계약 당사자 사이에 단순히 대물변제를 하기로 약속하는 합의가 있었다고 하더라도 그것만으로는 부족하고, 그 다른 급부가 부동산 소유권의 이전일 때에는 반드시 소유권이전등기를 완전히 마쳐야만 대물변제가 성립하고 기존의 채무가 소멸하게 됩니다.  

따라서 세법상으로도 대물변제 계약에 따라 부동산이 유상으로 양도되고 대가가 지급된 것으로 보는 시점은 소유권이전등기가 경료된 때로 보아야 합니다. 이 사건에서는 비록 이전에 매매 계약이 체결되고 대금이 오갔다 하더라도, 최종적으로 권리가 이전된 원인은 대물변제 계약이었으며 그 등기가 마쳐진 시점은 2026년 3월이었습니다. 결과적으로 법원은 2026년 3월을 세법상 양도 시기로 보아야 하므로, 세무서가 2027년 4월에 내린 과세 처분은 부과제척기간 내에 적법하게 이루어진 것이라고 판단하였습니다. A의 제척기간 도과 주장은 받아들여지지 않은 것입니다.  

쟁점 2. 건물 철거 특약 시 멸실된 건물의 취득가액 필요경비 산입 여부

두 번째 쟁점은 양도 시점인 2026년 3월에 이미 물리적으로 존재하지 않았던 건물의 신축 비용 3억 원을 토지의 양도소득세 필요경비로 인정해 줄 수 있는지의 문제입니다. 세무서는 등기 이전 당시 공부상 건물은 이미 멸실되고 나대지만 넘어갔으므로 오직 토지의 취득 가격인 11억 원만 비용으로 인정해야 한다고 가혹하게 법을 해석하였습니다.  

법원은 참조판례인 대법원 1992. 9. 8. 선고 92누7399 판결의 취지를 바탕으로 거래의 실질을 면밀하게 분석하였습니다. 원래 토지와 건물을 함께 취득하였다가 토지만을 이용하기 위해 건물을 철거하고 나대지 상태로 토지만 양도하는 경우, 당초부터 건물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적이었음이 구체적인 정황상 분명하게 인정된다면 철거된 건물의 취득가액과 철거 비용 등은 토지의 가치를 높이기 위해 지출한 필요경비로 산입하는 것이 타당합니다.  

이 글에서 다루는 구체적인 사실관계를 살펴보면, 법원은 다음과 같은 중요한 정황들을 종합하여 실질과세의 원칙을 적용하였습니다.  

• A는 건물을 지은 뒤 임대 사업을 오랫동안 영위해 왔으며, 처음부터 철거를 목적으로 건물을 지은 것이 아니었습니다.  

• B 회사와의 거래 과정에서 책정된 18억 원의 대금은 단순히 토지만의 가격이 아니라, 기존 건물의 가치에 대해 매수인이 보상해 주기로 합의한 금액이 포함되어 계산된 것이었습니다.  

• 건물을 철거한 원인은 전적으로 매매계약서에 명시된 '건물 철거 특약' 때문이었으며, 이는 매수인인 B 회사가 새로운 건물을 지어 토지를 활용하기 위해 요구한 사항이었습니다.  

• 나중에 권리관계 정리의 편의를 위해 소유권 이전의 법적 원인이 매매에서 대물변제로 변경되었지만, 원래 정해졌던 18억 원의 대금 액수와 조건은 그대로 유지되었습니다.  

이러한 점들을 종합해 볼 때, 비록 최종 양도 방식이 대물변제 형식을 취하여 토지만 넘어갔다 하더라도, 대물변제를 통해 사라진 18억 원의 채무 속에는 토지뿐만 아니라 멸실된 건물의 보상액도 합리적으로 포함되어 있다고 해석하는 것이 상식에 부합합니다. 따라서 법원은 사라진 건물의 신축 비용 3억 원 역시 토지 양도를 위해 필수적으로 지출된 취득가액이자 필요경비에 해당하므로, 이를 배제하고 세금을 부과한 세무서의 처분은 위법하여 취소되어야 한다고 명쾌한 판결을 내렸습니다.  

승소 전략

이 사건과 같이 매수인의 요구로 건물을 철거하고 등기를 이전하는 과정에서 억울한 세금 폭탄을 피하기 위해서는 체계적인 소송 및 증명 전략이 필요합니다.

첫째, 계약 체결 당시 작성한 서류에 철거의 주체와 목적을 명확히 기록해 두어야 합니다. 매도인이 임의로 건물을 부순 것이 아니라 매수인의 신축 및 토지 이용 편의를 위해 매수인의 강력한 요청에 따라 철거한다는 점을 매매계약서 특약 조항에 구체적으로 명시해야 합니다.  

둘째, 매매대금의 산정 근거를 객관적인 자료로 남겨두어야 합니다. 거래 대금인 18억 원 속에 건물에 대한 보상 성격의 대가가 포함되어 있었다는 사실을 뒷받침할 수 있는 탁월한 증빙을 마련해야 합니다. 건물 신축 당시의 공사 계약서, 세금계산서, 장부 기록 등을 온전하게 보존하고, 계약 조율 과정에서 오간 이메일이나 회의록을 확보하는 것이 소송에서 결정적인 역할을 합니다.  

셋째, 형식적 원인이 매매에서 대물변제 등으로 변경되더라도 거래의 본질적 일관성을 증명해야 합니다. 최초 계약 체결 시점부터 대금의 지급 흐름, 건물의 철거 시점, 그리고 최종적인 소유권 이전 단계까지 모든 행위가 하나의 유기적인 거래 조건 속에서 순차적으로 이행되었다는 점을 법원에 설득력 있게 제시해야 합니다. 이 사건에서도 매매계약의 연장선상에서 대물변제가 이루어졌음을 증명해 낸 것이 승소의 핵심 열쇠였습니다.  

시사점

이번 판결은 세법의 대원칙인 실질과세 원칙이 현장에서 어떻게 구현되는지를 보여주는 매우 의미 있는 선례입니다. 과세 당국은 등기 독점주의적 시각에 갇혀 양도 시점에 건물이 멸실되어 존재하지 않는다는 형식적인 사실만을 근거로 필요경비를 부인하려 하였습니다. 그러나 법원은 계약의 착수부터 최종 대물변제에 이르기까지 전 과정을 실질적으로 관찰하여 납세자의 억울함을 풀어주었습니다.  

회사의 실무 담당자들이나 개인 납세자들은 부동산 매매계약서에 '멸실 조건'을 넣을 때 세무적인 위험이 항상 도사리고 있음을 인지해야 합니다. 매수인의 요구에 따라 건물을 철거해 주는 선의를 베풀었다가 세법상으로는 건물분 비용을 한 푼도 공제받지 못하는 최악의 사태가 발생할 수 있기 때문입니다.  

또한 대물변제를 활용할 때는 소유권이전등기가 마쳐지는 접수일이 세법상 공식적인 양도 시기가 되므로, 자금 계획과 세금 신고 기한을 정밀하게 계산하지 않으면 가산세 등의 원치 않는 불이익을 입을 수 있다는 점을 기억해야 합니다.  

맺음말

개별적인 부동산 거래는 저마다 처한 권리관계와 특약의 내용이 모두 다르므로 일률적인 법리를 기계적으로 적용하기 어렵습니다. 따라서 이 글의 내용은 오직 세법적 흐름을 이해하는 참고용으로만 활용해 주시기를 바라며, 실제 구체적인 의사결정을 내리기 전에는 반드시 세법 전문 변호사와 개별적인 법률 상담을 진행하셔야 안전합니다. 이 글에 수록된 정보만을 신뢰하여 행한 독자적인 행위나 결과에 대해 어떠한 법적 책임도 지지 않음을 밝힙니다.