FTA 원산지신고서 위조 논란, 부분 취소 결정의 의미와 소송 대응전략

원산지 증명서 위조, '일부'의 실수가 '전체'의 책임이 될까?​

한-EU FTA 협정관세 적용과 관련하여 중요한 행정심판 결정이 있습니다.

수입업체가 일부 원산지신고서를 위·변조한 사실이 적발되자, 과세관청이 해당 업체가 수입한 ​전체 물품​에 대해 협정관세 적용을 배제하고 거액의 관세를 추징한 사건입니다.

이 사건은 기업의 FTA 원산지 관리 실무에 큰 시사점을 던져줍니다.

​1. 사건의 개요 (청구 경위)​

청구법인(수입업체)은 이탈리아 등에서 의류를 수입하면서 한-EU FTA에 따른 협정관세율(0%)을 적용받았습니다. 그러나 세관(처분청)은 압수수색을 통해 청구법인이 원산지 문구가 없거나 비특혜 문구가 적힌 송품장(Invoice)을 PDF 편집 툴 등을 이용해 FTA 요건을 충족하는 것처럼 원산지신고서를 위·변조한 사실을 확인했습니다.

구체적으로 세관은, 청구법인 내부의 '업무 매뉴얼'에서 원산지신고서 위·변조 방법 및 절차가 상세히 기술되어 있고, '비상경영계획안'에 "인증수출자 가라로 넣어야 함"이라는 문구가 적시된 점 등을 근거로, 청구법인이 조직적·전사적으로 원산지신고서를 조작했다고 판단했습니다.

이에 따라 위·변조가 구체적으로 확인되지 않은 건까지 포함하여 총 166건의 수입신고 건 전체에 대해 협정관세 적용을 배제하고 관세 등을 부과했습니다.

​2. 청구법인의 주장​

• ​과세관청의 입증책임:​ 과세요건 사실에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있다. 처분청이 일부 원산지신고서의 위·변조 사실만으로, 명확한 증거 없이 나머지 전체 신고 건까지 위·변조된 것으로 추정하여 과세한 것은 조세법률주의 및 유추해석 금지 원칙에 위배된다. 위·변조는 문서별로 특정되어야 한다.....는 것입니다.

  
  

• ​부당한 포괄 과세:​ 위·변조되지 않은 서류도 다수 포함되어 있음에도, 처분청은 일관된 기준 없이 포괄적으로 과세했다. 어느 서류가 어떻게 위·변조되었는지 명확히 특정하여 그에 대해서만 처분해야 한다....고 합니다.

  
  

• ​가산세 면제:​ 설령 일부 요건을 갖추지 못했더라도, 인증수출자가 발행한 서류를 신뢰하여 업무를 처리한 것이므로 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다....고도 주장했습니다.

​3. 처분청의 주장​

• ​조직적·악의적 위·변조:​ 압수된 '업무 매뉴얼', '비상계획안' 등 내부 자료를 볼 때, 청구법인은 관세 회피를 목적으로 전사적·조직적으로 원산지신고서를 위·변조했다. 이는 단순 실수가 아닌 부정한 행위에 해당한다.

  
  

• ​무효인 원산지신고서:​ 원산지신고서는 '인증수출자'가 작성해야 효력이 있다. 수입자가 직접 위·변조한 신고서는 작성 권한 없는 자가 만든 것으로 원천적으로 무효이다. 이러한 경우, 수출국에 원산지 검증을 요청할 필요도 없이 협정관세 적용을 즉시 배제할 수 있다 부산고등법원-2020누23476.

  
  

이와 같은 관련 규정의 체계․내용에 비추어 보면,

이 사건 자유무역협정은 6,000유로 초과 수입물품에 대해서 오직 유효한 인증수출자가 작성한 원산지신고서에 근거해서만 협정관세를 적용받을 수 있도록 규정하고 있다고 할 것이다(대법원 2020. 2. 27. 선고 2016두63408 판결 등 참조).

원고는 인증수출자인 독일 수출자로부터 위임받은 권한에 따라 이 사건 원산지신고서를 작성한 것이므로 이는 유효하다는 취지로 주장하나,

이 사건 의정서상 인증수출자 인증의 주체는 수출 당사자의 관세당국으로, 위와 같은 인증수출자의 권한을 위임할 수 있다는 규정이 별도로 존재하지 아니하는 이상 원고의 주장과 같이 사인 간에 위와 같은 인증권한을 위임할 수 있다고 보기는 어렵다.

특히 이 사건 의정서는 6,000유로 이하의 탁송화물이 아닌 이상 원산지신고서를 발행할 권한을 인증수출자에 한해 부여하여 원산지 절차 규정으로서의 원산지신고서 제도를 여타의 협정에 비해 더욱 엄격하고 체계적으로 관리하고 있는데,

인증수출자가 아닌 자가 임의로 발행한 서류를 원산지신고서로 제출하여 유효한 원산지 증명서류가 없음에도 협정관세를 적용해 줄 경우 관세행정에 악영향을 미칠 우려가 있다. 또한 이는 수출자 또는 생산자가 원산지신고서를 발행한 것을 전제로 수출 당사국의 관세당국에 의한 간접검증의 방식을 채택하고 있는 이 사건 자유무역협정의 취지에 반한다.

이 사건 원산지신고서를 인증수출자인 독일 수출자가 아니라 수입자인 원고가 작성한 사실은 앞서 본 바와 같고, 원고는 이 사건 의정서에 따른 원산지신고서를 작성할 지위에 있지 않다. 원고가 이 사건 원산지신고서를 독일 수출자로부터 위임받아 작성하였다 하더라도, 수출 당사자의 관세당국에 의해 원산지 신고서를 작성하도록 인증된 인증수출자의 권한이 사법상의 법률행위에서처럼 사인 사이의 위임이나 대리가 허용된다고 볼 수 없으므로, 원고가 제출한 원산지신고서를 인증수출자에 의한 원산지신고서라고 볼 수 없다.

• ​엄격한 형식적 요건:​ 협정관세 적용은 엄격한 요건 하에 부여되는 특혜다. FTA 협정에서 정한 요건을 갖추지 못한 이상 협정관세율 적용을 거부하는 것은 정당하다.

  
  

• ​가산세 부과 정당:​ 위법성을 인지하고도 적극적으로 위·변조 행위를 했으므로 가산세를 면제할 정당한 사유가 없다.

​4. 쟁점 및 심판원의 판단​

• ​쟁점:​

  ① 일부 원산지신고서의 위·변조 사실을 근거로 위·변조가 입증되지 않은 나머지 신고 건 전체에 대해 협정관세 적용을 배제한 처분의 당부,

  ② 가산세 부과 처분의 당부.

  
  

• ​판단 (일부 인용 - 재조사 결정):​ 조세심판원은 청구법인의 손을 일부 들어주었습니다.

  
  

  ​(기각 부분)​ 처분청이 당초 송품장과 수정된 원산지신고서를 모두 확보하여 ​위·변조 사실을 구체적으로 특정한 112건​에 대해서는, 수입자인 청구법인이 작성한 것이므로 부적법하며 협정관세 적용을 배제한 처분은 정당하다고 보았습니다.

  
  

  ​(인용 - 재조사 부분)​ 그러나, 처분청이 위·변조 사실을 특정하지 못하고 ​정황 증거만으로 위·변조로 추정한 나머지 54건​에 대해서는 입증이 부족하다고 판단했습니다.

  심판원은 "FTA 협정관세율 적용의 적정 여부는 원산지신고서 단위로 판단하여야" 한다고 명시하며, 이 54건에 대해서는 "원산지신고서의 위·변조 여부 등을 재조사하거나, 국제간접검증 등을 통하여 (...) 재조사하여 그 결과에 따라" 처분을 다시 결정하라고 주문했습니다.

  
  

  ​(가산세)​ 청구법인이 조직적으로 당초 송품장을 위·변조한 것으로 보이는 이상, 가산세를 면제할 정당한 사유가 없다고 판단했습니다.

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​기업 담당자를 위한 시사점​

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1. ​'위험한' 내부 매뉴얼 관리의 중요성:​ 이 사건에서 세관이 청구법인의 '조직적 범행'을 주장한 핵심 근거는 내부 '업무 매뉴얼'과 '비상계획안'이었습니다. 실제 실행 여부와 무관하게, FTA 협정관세 적용을 위해 문서를 수정하는 절차나 방법을 담은 문서는 매우 위험하며, 세무조사나 압수수색 시 악의적인 탈세 의도의 '스모킹 건'으로 활용될 수 있습니다.

   
   

2. ​과세관청의 입증책임 원칙을 적극 활용:​ 과세관청이라도 모든 과세요건을 '추정'만으로 판단할 수는 없습니다. 이번 결정례는 ​'원산지신고서 단위'로 위법 사실을 입증해야 한다​는 점을 명확히 했습니다. 일부의 명백한 잘못이 발견되더라도, 그 사실만으로 전체 거래에 대한 책임을 지는 것은 아니므로, 처분 내용의 구체적인 근거를 요구하고 개별적으로 대응하는 전략이 중요합니다.

   
   

3. ​'부정한 행위'로 판단되면 가산세 부담 가중:​ 심판원은 청구법인의 행위를 단순 착오가 아닌 '부정한 행위'로 보아 가산세는 면제되지 않는다고 판단했습니다. 원산지 증명 과정에서 문제가 발생했을 때, 이것이 단순 실수인지 고의적인 부정행위인지에 따라 가산세율(10% vs 40%)과 가산세 감면 여부가 크게 달라지므로 초기 대응이 매우 중요합니다.

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​【행정소송 제기를 위한 법률 검토 및 소송 전략】​

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의뢰인의 행정소송 제기 관련하여, 심판결정례와 관련 판례를 기초로 다음과 같이 소송 전략을 분석합니다.

​1. 행정소송에 유리한 판례 및 법리​

1. ​조세심판원 결정례 (조심2024관0041) 조세심판원-심판결정례-조심2024관0041

   ​핵심 내용:​ 이 사건의 가장 중요한 선례입니다. 심판원은

   ① FTA 협정관세 적용 여부는 '원산지신고서 단위'로 개별 판단해야 하며,

   ② 과세관청이 위·변조 사실을 구체적으로 입증하지 못한 54건에 대해서는 재조사가 필요하다고 결정했습니다. 이는 과세관청의 '포괄적 과세'가 위법하다는 논리를 이미 행정심판 단계에서 인정받았음을 의미합니다.

   
   

2. ​서울행정법원

   ​2016. 12. 23​ 선고 2016구합50389 판결 서울행정법원-2016구합50389

   ​핵심 내용:​

   수입자가 제출한 원산지증명서의 형식상 오류를 이유로 협정관세를 배제한 처분에 대해, 법원은 수입자의 귀책사유가 없음을 인정하여 가산세 부과 처분을 취소했습니다.

   특히, 수입자는 ​인증수출자가 발행한 형식상 유효한 원산지증명서를 신뢰​했고, 물품 라벨을 통해 원산지를 확인하는 등 통상적인 주의의무를 다했다고 보았습니다.

   이는 의뢰인이 '수출자가 제공한 서류를 신뢰했다'고 주장하는 부분과 맥락을 같이하여, 최소한 가산세 처분의 부당성을 주장하는 데 유리한 근거가 될 수 있습니다.

   
   

3. 인천지방법원

   ​2017. 7. 14​ 선고 2016구합54606 판결 인천지방법원-2016구합54606

   ​핵심 내용:​

   법원은 원산지신고서에 형식적 오류가 있더라도, 이는 ​보정이 가능한 하자​에 해당하므로,

   과세관청이 보정요구절차 등 검증 절차를 거치지 않고 곧바로 협정관세를 배제한 처분은 절차상 위법하다고 판시했습니다.

   이 판결은 과세관청이 섣부른 추정이나 형식적 흠결만으로 과세해서는 안 되며, 충분한 절차적 기회를 보장해야 한다는 점을 강조하고 있어 우리 측 주장을 뒷받침합니다.

   
   

4. ​조세소송상 입증책임 법리

   ​핵심 내용:​

   처분의 적법성에 대한 증명책임은 원칙적으로 처분청(피고)에 있습니다.

   즉, 과세관청은 ​각 과세단위(이 사건에서는 166건의 각 수입신고)별로 과세 요건 사실이 충족되었음을 구체적인 증거로 입증​해야 합니다.

   '업무 매뉴얼'의 존재만으로는 개별 신고 건의 위·변조 사실이 직접 증명되지 않습니다.

​2. 소송 전략 분석​

본 소송의 목표는 심판결정에서 기각된 112건 중 일부를 구제하고, 재조사 결정이 내려진 54건에 대한 과세처분을 완전히 취소시키는 것입니다.

​주요 소송 전략: '과세관청의 입증책임 원칙' 위반을 집중 공략​

심판원이 54건에 대해 재조사 결정을 내린 핵심 근거가 바로 '처분청의 입증 부족'이었습니다. 행정소송에서도 이 부분을 가장 강력한 무기로 삼아야 합니다.

• ​1단계: 입증책임의 법리적 원칙 확립​

  조세소송에서 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 전적으로 과세관청에 있다는 대법원의 확립된 법리를 주장합니다.

  따라서 피고(서울세관)는 이 사건 166개 각각의 수입신고 건에 대해, 원고(의뢰인)가 제출한 원산지신고서가 '허위로 작성되었다'는 사실을 ​개별적·구체적​으로 입증해야 합니다.

  
  

• ​2단계: 처분청의 '추정'에 기반한 과세의 부당성 지적​

  처분청이 '업무 매뉴얼'이나 '비상경영계획안' 등 정황증거를 근거로, 위·변조가 특정되지 않은 54건에 대해서까지 협정관세 적용을 배제한 것은 ​아무런 직접 증거 없이 추정에만 의존한 위법한 처분​임을 강조합니다.

  특히, 조세심판원조차 "FTA 협정관세율 적용의 적정 여부는 원산지신고서 단위로 판단하여야" 한다고 명시한 점을 재판부에 강력하게 제시하여, 처분청의 포괄적 과세 논리의 부당함을 부각시킵니다.

  
  

• ​3단계: 절차적 위법성 주장 (보조 전략)​

  설령 일부 신고서에 형식적 흠결이나 오류가 있었다고 가정하더라도, 과세관청은 곧바로 협정관세 적용을 배제할 것이 아니라, 보정 요구 또는 국제간접검증 등 적법한 절차를 통해 그 실질을 확인했어야 합니다.

  이러한 절차를 생략한 채 자의적으로 처분한 것은 ​적법절차 원칙에 위배​된다는 점을 판례(인천지방법원-2016구합54606)를 근거로 주장할 수 있습니다.

  
  

• ​4단계: 가산세 처분에 대한 방어​

  비록 심판 단계에서는 가산세가 정당하다고 판단되었으나, 소송에서는 다시 한번 다퉈볼 실익이 있습니다.

  판결 서울행정법원-2016구합50389을 인용하여, 의뢰인이 인증수출자인 해외 거래처가 발행한 서류를 신뢰한 것에 정당한 사유가 있음을 주장하는 등, 판례의 법리에 맞춰 증거를 찾아 제시하는 것이 필요합니다.