녹두 : 한-페루 FTA 협정관세 적용 관련 심판청구 결정례 분석
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- 10월 28일
- 6분 분량

1. 청구경위
청구법인은 2021년 7월 페루로부터 건조녹두(쟁점물품)를 수입하면서 '한-페루 FTA'에 따라 협정관세율 0%를 적용하여 수입신고를 하였습니다.
이에 대해 처분청(인천세관)은 원산지 서면조사를 실시한 결과,
생산농민의 재배사실 확인 자료 미제출 등을 이유로 원산지를 확인할 수 없다고 판단하여 협정관세 적용을 배제하고 2024년 8월 1일 관세를 부과하는 처분(쟁점처분)을 하였습니다.
이 과정에서 청구법인은 과세전적부심사를 청구하였고,
관세청장은 페루 관세당국의 검증지원 정보를 토대로 재조사하라는 결정을 내렸습니다.
이후 페루 관세당국은 "수출자가 충분한 자료를 제출하지 않아 원산지 기준을 충족하지 않는다"는 회신을 하였고, 처분청은 이를 근거로 쟁점처분을 하였습니다. 청구법인은 이에 불복하여 심판청구를 제기하였습니다.
2. 청구인의 주장
청구인은 쟁점처분이 부당하다고 주장하며, 그 근거를 다음과 같이 제시하였습니다.
원산지 입증 주장: 청구법인은 토지매매서류(MINUTA), 재임대차계약서, 농수영수증, 생산사실증명서, 전자거래영수증 등 추가로 확보한 자료를 통해 쟁점물품이 페루에서 완전생산기준을 충족하였음을 충분히 입증하였다고 주장합니다. 특히, 페루 관세당국이 당초 원산지 불충족 의견을 냈으나, 이후 2024년 10월 16일 자 공문을 통해 "쟁점물품이 원산지 물품으로 적격하다"는 의견을 재회신하였으므로 이를 존중해야 한다고 강조했습니다.
증빙자료 제출기한에 대한 주장: 처분청이 문제 삼는 '검증지원 정보 제출기한'은 법령이나 협정에 명시된 절대적인 기한이 아니라고 주장합니다. 또한, 처분청이 다른 수입자의 사례에서는 기한이 지난 후 제출된 자료를 인정한 전례가 있으므로, 이 사건에서만 기한 경과를 이유로 자료를 배척하는 것은 과세형평에 어긋난다고 주장했습니다.
원산지조사의 절차적 하자 주장: 처분청이 수입자인 청구법인에 대한 국내조사를 완료하고 그 결과를 통지하지 않은 채, 수출자에 대한 국제조사를 동시에 진행한 것은 '원산지조사 운영에 관한 훈령' 등을 위반한 절차적 하자가 있는 위법한 조사라고 주장합니다.
3. 처분청의 주장
처분청은 쟁점처분이 적법하다고 주장하며, 다음과 같이 반박하였습니다.
원산지 입증 부족: 청구인이 제출한 자료는 신뢰하기 어렵다고 주장합니다. 토지 임대차 관계에 대한 진술이 계속 변경되었고, 농수영수증의 토지 사용자가 실제 경작 농민이 아닌 재임대인으로 기재되어 있는 등 자료 간에 모순이 존재한다고 지적했습니다. 또한, 페루 관세당국이 최초 회신에서 원산지 불충족 의견을 제시한 점을 근거로 들었습니다.
제출기한 경과: 페루 관세당국이 원산지를 인정하는 취지의 추가 자료를 제출한 시점(2024.10.16.)은 양국 관세당국 간 합의한 최종 기한(2024.8.16.)을 이미 경과한 후이므로, 절차적 신뢰성 보호를 위해 해당 자료를 인정할 수 없다고 주장합니다. 청구법인에게는 이미 2년이 넘는 충분한 입증 기간을 부여했다고 강조했습니다.
조사절차의 적법성: 국내조사 결과 원산지가 확정되지 않아 추가적인 국제조사가 필요한 경우, 국내조사 결과 통지를 생략하고 최종 조사 결과를 통지하는 것은 적법한 절차라고 반박했습니다. 설령 형식적 하자가 있더라도, 청구인에게 이의제기 등 충분한 방어 기회가 보장되었으므로 처분을 무효로 할 만한 중대·명백한 하자는 아니라고 주장했습니다.
4. 쟁점 정리
본 결정례의 핵심 쟁점은 두 가지로 요약됩니다.
쟁점물품이 한-페루 FTA 협정관세 적용 대상인지 여부 (실체적 쟁점)
청구법인에 대해 실시한 원산지조사의 절차적 하자 여부 (절차적 쟁점)
5. 판단
조세심판원은 각 쟁점에 대해 다음과 같이 판단하였습니다.
쟁점 1 (원산지 여부)에 대한 판단: 재조사 결정 (일부 인용) 조세심판원은 페루 관세당국이 합의된 기한을 넘겨 2024년 10월 16일에 제출한 '원산지 적격' 의견 자료를 배척해서는 안 된다고 보았습니다. 그 근거로 한-페루 FTA 제5.6조(재심 및 불복청구) 규정을 들며, 불복 단계에서 제출된 검증지원 정보가 반영될 수 있다고 해석했습니다. 따라서 처분청은 기한 경과 후 제출된 자료까지 모두 포함하여 원산지 기준 충족 여부를 재조사한 후 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정해야 한다고 결정했습니다.
쟁점 2 (절차적 하자)에 대한 판단: 청구주장 기각 조세심판원은 처분청의 조사 절차에 중대·명백한 하자가 없다고 판단했습니다. 국내조사에서 원산지가 확정되지 않아 국제조사로 이어진 경우, 최종 결과를 한 번에 통지한 것이 위법하다고 보기 어렵다고 보았습니다. 설령 일부 절차적 미비가 있더라도, 청구인에게 과세전적부심사 등 충분한 방어 기회가 주어졌으므로 처분을 취소할 만한 사유는 아니라고 판단하여 이 부분 청구는 기각했습니다.
기업 담당자를 위한 시사점
원산지 증빙서류의 일관성 및 신뢰성 확보: 이 사건의 핵심은 제출된 서류들의 신뢰성 문제였습니다. 토지 계약 관계나 영수증 사용자 명의 등 자료 간 내용이 불일치하면 원산지 입증에 실패할 수 있습니다. FTA 협정관세 적용을 위해서는 수출자, 생산자로부터 최초 단계부터 일관되고 검증 가능한 서류를 확보하고 철저히 관리해야 합니다.
입증책임은 수입자에게 있음: FTA 혜택을 받기 위한 원산지 입증책임은 원칙적으로 수입자에게 있습니다. 세관의 자료 제출 요구에 대해 단순히 수출국에서 받은 원산지증명서만으로는 불충분하며, 생산 과정 전반을 소명할 수 있는 구체적인 근거 자료(생산일지, 원재료 구매내역, 재배사실 확인서 등)를 확보해 두어야 합니다.
불복 절차의 적극적 활용: 이 사건에서 청구법인은 비록 기한이 지났지만 페루 관세당국의 추가 의견서를 받아내어 '재조사' 결정을 이끌어냈습니다. 이는 과세처분에 불복할 경우, 심판청구 단계에서도 새로운 증거를 제출하여 결과를 뒤집을 수 있음을 보여줍니다. 포기하지 않고 끝까지 소명 자료를 준비하는 자세가 중요합니다.
행정소송 제기 시 참고할 법리 분석
1. 쟁점① : FTA 원산지 검증 및 추가 자료 제출의 효력 관련
제시된 쟁점①은 체약상대국 관세당국이 합의된 기한을 넘겨 원산지 증명 정보를 회신한 경우, 그 정보의 효력을 인정하여 재조사해야 하는지에 관한 것입니다. 이와 관련하여 FTA 원산지 간접검증 결과의 신뢰성 및 과세관청의 입증책임이 다투어진 판례를 분석할 수 있습니다.
유관 판례 분석
인천지방법원 2024. 12. 19. 선고 2023구합55188 판결 및 인천지방법원 2024. 12. 19. 선고 2023구합55133 판결은 인도네시아로부터 수입된 목재합판에 대한 한·아세안 FTA 협정관세 적용과 관련하여, 과세관청이 인도네시아 당국의 원산지 검증 회신 내용을 배척하고 과세한 사안입니다. (인천지방법원-2023구합55188, 인천지방법원-2023구합55133)
판례의 사실관계
원고(수입자)는 인도네시아산 목재합판을 수입하면서 한·아세안 FTA 협정관세율(5%)을 적용하여 신고했습니다. (인천지방법원-2023구합55188, 인천지방법원-2023구합55133)
피고(과세관청)는 원산지조사를 실시하며 인도네시아 정부에 국제간접검증을 요청했습니다. 인도네시아 중앙정부는 해당 물품이 특정 열대산 목재에 해당하지 않는다고 회신했으나, 일부 지방정부는 특정 열대산 목재에 해당한다고 회신하는 등 의견이 엇갈렸습니다. (인천지방법원-2023구합55188, 인천지방법원-2023구합55133)
피고는 인도네시아 당국의 회신 내용의 신뢰성에 의문이 있다며, 자체적으로 확보한 자료(연구자료, 학술서적 등)를 근거로 해당 물품이 특정 열대산 목재에 해당한다고 판단하여 더 높은 세율(조정관세율 10% 또는 기본관세율 8%)을 적용해 관세 등을 경정고지했습니다. (인천지방법원-2023구합55188, 인천지방법원-2023구합55133)
법원의 판단
법원은 과세처분의 적법성 및 과세요건사실에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있다고 전제했습니다. (인천지방법원-2023구합55188, 인천지방법원-2023구합55133)
수입물품의 품목분류는 관세율표 및 HS해설서에 따라 법적인 목적으로 이루어져야 하며, 관련 서적의 내용만을 근거로 품목분류를 하는 것은 적절하지 않다고 보았습니다. (인천지방법원-2023구합55188, 인천지방법원-2023구합55133)
법원은 인도네시아 중앙정부와 지방정부의 입장이 일치하지 않는 상황 등을 고려할 때, 피고가 제출한 증거만으로는 해당 물품이 특정 열대산 목재에 해당한다는 점을 인정하기 부족하다고 판단했습니다. 즉, 과세관청이 체약상대국 검증당국의 회신 내용을 합리적 근거 없이 배척하고 자체 판단으로 과세한 것은 위법하다고 본 것입니다. (인천지방법원-2023구합55188, 인천지방법원-2023구합55133)
쟁점 사안에 대한 적용 가능성 검토
제시된 쟁점①의 결정 내용은, 비록 체약상대국 관세당국이 회신 기한을 넘겨 자료를 제출했더라도, FTA 협정상 보장된 재심 및 불복청구권을 근거로 해당 자료를 반영하여 재조사해야 한다는 취지입니다.
위 판례들은 과세관청이 체약상대국의 검증 회신을 임의로 배척할 수 없으며, 과세 요건에 대한 입증책임을 엄격하게 부담해야 함을 보여줍니다. (인천지방법원-2023구합55188, 인천지방법원-2023구합55133)
이는 쟁점①에서 행정심판기관이 "한-A FTA 제5.6조에 따라 행정적 재심 및 불복단계에서 검증지원 정보가 반영될 수 있다"고 판단한 것과 맥을 같이합니다.
즉, 형식적인 기한 도과만을 이유로 체약상대국의 공식적인 의견을 무조건 배척하기보다는, FTA 협정의 취지에 따라 실체적 진실을 파악하기 위해 추가 제출된 자료를 검토하고 재조사하는 것이 타당하다는 결론을 뒷받침하는 근거가 될 수 있습니다.
2. 쟁점② : 원산지 조사 과정의 절차적 하자 관련
제시된 쟁점②는 과세관청이 수입자에 대한 국내 서면조사 결과를 통지하지 않고 곧바로 수출자에 대한 국제조사를 진행한 것이 절차적 하자에 해당하는지에 관한 것입니다.
유관 판례 분석
이와 직접적으로 관련된 판례는 찾기 어려우나, 행정처분의 절차적 하자의 위법성 정도에 대해 판단한 유사 판례를 통해 법리를 유추해 볼 수 있습니다.
인천지방법원 2024. 6. 20. 선고 2023구합54987 판결 및 인천지방법원 2024. 5. 31. 선고 2023구합54994 판결은 경정청구 거부처분서에 구체적인 이유가 기재되지 않은 절차적 하자가 있다는 주장에 대해 판단했습니다. (인천지방법원-2023구합54987, 인천지방법원-2023구합54994)
법원의 판단
법원은 "처분을 하면서 당사자가 그 근거를 알 수 있을 정도로 이유를 제시한 경우에는 처분의 근거와 이유를 구체적으로 명시하지 않았더라도 그로 말미암아 그 처분이 위법하다고 볼 수 없다"는 대법원 판례를 인용했습니다. (인천지방법원-2023구합54987, 인천지방법원-2023구합54994)
피고(과세관청)가 사전에 수정신고 안내를 통해 품목분류 오류에 대해 상세히 설명했고, 원고(납세자)가 이를 토대로 경정청구를 한 사정 등을 종합하면, 비록 거부처분서에 구체적 이유가 없었더라도 원고는 처분의 이유를 충분히 알 수 있었고 불복 절차를 밟는 데 지장이 없었다고 보아 절차적 하자가 위법하지 않다고 판단했습니다. (인천지방법원-2023구합54987, 인천지방법원-2023구합54994)
또한, 인천지방법원 2024. 12. 19. 선고 2023구합55188 판결에서 원고는 "피고가 간접검증 결과인 인도네시아 당국의 구체적 회신 내용을 원고에게 전달하여야 할 법적 의무를 위반하였으므로, 이 사건 처분은 절차적으로 위법하다"고 주장했습니다. 법원은 주된 쟁점인 품목분류의 위법성을 인정하여 원고 승소 판결을 하면서 이 절차적 하자 주장에 대해서는 별도로 판단하지 않았으나, 이러한 주장이 실제 소송에서 제기된다는 점을 확인할 수 있습니다. (인천지방법원-2023구합55188)
쟁점 사안에 대한 적용 가능성 검토
제시된 쟁점②에서 행정심판기관은 "수입자에 대한 국내 서면조사 결과 원산지가 확정되지 아니한 경우 그 결과 통지를 생략하고 국제조사를 완료한 후에 최종 원산지조사 결과를 통지한 것에 절차적 하자가 있다고 보이지 아니하고, 설령 하자가 있더라도 처분을 무효로 할 만큼 중대·명백한 하자로 보기 어렵다"고 판단했습니다.
이는 위 판례들에서 나타난 법원의 태도와 유사합니다.
즉, 절차상 일부 누락이 있더라도 납세자가 이후의 불복 과정(과세전적부심사 청구 등)에서 자신의 권리를 방어할 기회가 충분히 보장되었다면, 해당 절차적 하자는 처분 전체를 위법하게 할 정도의 중대한 흠결로 보지 않는 경향이 있습니다. (인천지방법원-2023구합54987, 인천지방법원-2023구합54994)
쟁점②의 경우, 국내조사 결과가 통지되지 않았더라도 이후 최종 원산지조사 결과 통지를 받고 그에 대해 다툴 기회가 부여되었으므로, 절차적 하자가 치유되거나 그 정도가 경미하다고 판단한 것으로 보입니다.
3. 종합 의견
쟁점①과 관련하여, 판례는 과세관청이 FTA 원산지 검증과 관련하여 체약상대국의 회신을 합리적 이유 없이 배척할 수 없으며, 과세요건에 대한 입증책임을 엄격하게 부담해야 한다는 입장을 보입니다. 이는 기한을 넘겨 제출된 자료라도 실체적 진실 발견을 위해 재심 및 불복 단계에서 고려되어야 한다는 쟁점 결정의 논리를 뒷받침합니다. (인천지방법원-2023구합55188, 인천지방법원-2023구합55133)
쟁점②와 관련하여, 판례는 행정처분의 절차적 하자가 납세자의 방어권을 실질적으로 침해하지 않았고 이후 불복 기회가 보장되었다면, 그 하자가 처분의 효력을 무효로 할 만큼 중대·명백하다고 보지 않는 경향이 있습니다. 이는 국내조사 결과 미통지라는 절차적 흠결이 있더라도 최종 처분 결과에 대해 다툴 기회가 있었다면 처분이 위법하지 않다고 본 쟁점 결정과 일치하는 방향입니다. (인천지방법원-2023구합54987, 인천지방법원-2023구합54994)



