수정수입세금계산서의 재발급을 거부한 처분은 위법하다고 한 사례(출처 : 대법원 2020. 12. 24. 선고 2019두44378 판결)
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- 2024년 3월 11일
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세액의 환급을 구하는 경정청구를 하였고,
통관지 세관장이 이를 인용하는 감액경정을 하였는데,
회사에 대하여 관세조사를 한 후
과세가격에 가산되어야 한다며 관세 및 부가가치세 증액경정을 하였고,
이에 따른 세금을 납부한 갑 회사에 경정·납부된 부가가치세 세액에 대하여 수정수입세금계산서가 발급되었으나,
감사원이 갑 회사가 경정청구 과정에서 위탁수입계약이 종료되었다고 사실과 다르게 설명하는 등 갑 회사에 귀책사유가 있다며 수정수입세금계산서의 발급을 취소하도록 요구함에 따라,
무 세관장이 증액경정에 따른 부가가치세에 대한 각 수정수입세금계산서의 발급을 취소하자,
갑 회사가 위 각 수정수입세금계산서의 재발급을 신청하였으나 무 세관장이 이를 거부한 사안에서,
갑 회사가 경정청구 과정에서 위탁수입계약이 종료되었다고 명시적으로 주장한 사실은 없고,
위탁수입계약에는 계약시행일만 기재되어 있을 뿐 계약존속기간이나 종료일은 기재되어 있지 않으며,
가격합의서에는 위탁수입계약의 존속을 전제로 갑 회사와 병 회사 사이에서 배송료 등을 산정하기 위한 세부 항목이 기재되어 있을 뿐이어서,
이를 위탁수입계약이 종료된 후 새로 체결된 계약으로 보기도 어려우므로,
갑 회사가 통관지 세관장의 요구에 따라 위와 같은 서류를 제출하였다는 사정만으로
통관지 세관장으로 하여금 위탁수입계약이 종료되었다는 착오를 일으켰다고 할 수 없는 점 등을 종합하면,
증액경정의 대상이 된 갑 회사의 물품에 관한 수입신고는
실지조사권을 가진 세관장이 경정청구를 심사한 후 인용한 당초 감액경정에 따른 것이므로,
그 후 이에 관하여 증액경정이 있었더라도
당초 감액경정에 따라 수입신고를 한 갑 회사에게 구 부가가치세법(2015. 12. 15. 법률 제13556호로 개정되기 전의 것) 제35조 제2항 제2호 (다)목에서 말하는 귀책사유가 있다고 볼 수 없음에도 이와 달리 본 원심판단에 법리오해의 잘못이 있다고 한 사례.
부가가치세법 제35조(수입세금계산서)
① 세관장은 수입되는 재화에 대하여 부가가치세를 징수할 때(제50조의2에 따라 부가가치세의 납부가 유예되는 때를 포함한다)에는 수입된 재화에 대한 세금계산서(이하 "수입세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 수입하는 자에게 발급하여야 한다. <개정 2015.12.15>
② 세관장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 수입하는 자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 수입세금계산서(이하 "수정수입세금계산서"라 한다)를 발급하여야 한다. <개정 2017.12.19, 2022.12.31>
1. 「관세법」에 따라 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하기 전에 수입하는 자가 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정신고 등을 하는 경우(제3호에 따라 수정신고하는 경우는 제외한다)
2. 「관세법」에 따라 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하는 경우(수입하는 자가 해당 재화의 수입과 관련하여 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우로 한정한다)
가. 「관세법」 제270조(제271조제2항에 따른 미수범의 경우를 포함한다), 제270조의2 또는 제276조를 위반하여 고발되거나 같은 법 제311조에 따라 통고처분을 받은 경우
나. 「관세법」 제42조제2항에 따른 부정한 행위 또는 「자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률」 제36조제1항제1호 단서에 따른 부당한 방법으로 관세의 과세표준 또는 세액을 과소신고한 경우
다. 수입자가 과세표준 또는 세액을 신고하면서 관세조사 등을 통하여 이미 통지받은 오류를 다음 신고 시에도 반복하는 등 대통령령으로 정하는 중대한 잘못이 있는 경우
