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한-페루 FTA 협정세율 적용 부인 처분에 대한 심판청구 결정례 분석

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1. 청구 경위​

청구법인은 페루로부터 녹두(쟁점수입녹두)를 수입하면서 한-페루 FTA에 따른 협정관세율 0%를 적용하여 수입신고를 하였습니다.

그러나 처분청인 인천세관은 원산지 조사를 통해 청구법인이 제출한 자료만으로는 원산지 확인이 불가능하다고 판단하였습니다.

이후 양국 관세당국 간 합의에 따라 페루 측이 검증지원정보를 제공하기로 하였고, 관세청장은 이를 토대로 재조사를 결정했습니다.


재조사 결과, 처분청은 대부분의 수입 건에 대해 원산지를 인정하였으나, 특정 수입신고 건(수입신고번호 OOO호)의 물품 20,000kg 중 8,670kg(이하 ​쟁점물품​)에 대해서는 원산지 증빙자료가 다른 수입 건에 중복 사용되었다는 이유로 원산지를 불인정하였습니다.


이에 따라 처분청은 ​쟁점물품​에 대해 WTO 미추천양허관세율(607.5%)을 적용하여 관세를 부과하는 처분(이하 ​쟁점처분​)을 하였고, 청구법인은 이에 불복하여 심판청구를 제기하였습니다.



​2. 청구인의 주장​

청구법인은 ​쟁점처분​이 부당하다고 주장하며 다음과 같은 근거를 제시하였습니다.


  • ​재고관리 방식의 오해​: 처분청은 수출자가 공급처별로 재고를 분리하여 관리한다고 전제하였으나, 실제로는 여러 공급처로부터 받은 녹두를 통합하여 재고관리를 합니다. ​쟁점물품​은 다른 거래에서 남은 재고와 새로운 공급 물량을 합쳐 수출된 것이므로, 서류가 중복 사용된 것이 아니라 재고가 정상적으로 활용된 것입니다.


  • ​증빙서류의 성격 오인​: 처분청은 대금결제 증빙인 거래영수증(Factura)만을 근거로 서류가 중복 사용되었다고 판단했습니다. 그러나 물품의 실제 이동을 증명하는 운송증(Guía de remisión)을 함께 검토해야 합니다. 운송증을 보면 ​쟁점물품​을 포함한 전체 물량의 흐름이 명확히 입증되므로, 거래영수증 하나가 여러 운송에 나뉘어 사용된 것은 중복 사용이 아닌 '분할 사용'에 해당합니다.


  • ​실제 물품 흐름의 무시​: 처분청은 서류상 물량 흐름에만 집중하고, 운송증에 나타난 실제 운송 내역(실물 흐름)을 고려하지 않았습니다. 실제 운송된 물량을 기준으로 보면, 수출자의 구매 물량과 수출 물량이 일치하여 재고 부족 등의 모순이 발생하지 않습니다.


  • ​수출국 관세당국 검증 결과 존중​: 한-페루 FTA는 간접검증 방식을 채택하고 있으므로, 페루 관세당국이 ​쟁점물품​의 원산지를 페루산으로 확인하여 회신한 결과를 신뢰하고 존중해야 합니다. 관세청의 재조사 결정 취지 또한 페루 관세당국의 검증지원정보를 토대로 원산지를 판단하라는 것이었습니다.



​3. 처분청의 주장​

처분청은 ​쟁점처분​이 적법하다고 주장하며 다음과 같이 반박하였습니다.


  • ​거래영수증의 명백한 중복 사용​: ​쟁점물품​의 원산지 증빙으로 제출된 거래영수증(쟁점거래영수증)은 이미 다른 수입 건(이의제기 인정물품)의 원산지를 증명하는 데 사용되어 인정받은 바 있습니다. 동일한 서류가 두 건의 수입신고에 중복 사용되었으므로 ​쟁점물품​의 원산지는 입증되지 않았습니다.


  • ​거래 및 생산 사실 확인 불가​: 페루 관세당국이 제출한 자료들을 검토해도 거래 내역과 물량이 일치하지 않는 등 모순이 발견됩니다. 청구인의 주장대로 물량을 계산할 경우, 후속 수출 물량의 재고가 부족해지는 문제가 발생합니다. 또한, 수출자의 전체적인 재고관리대장 등 객관적인 입출고 내역이 제출되지 않아 청구주장을 신뢰하기 어렵습니다.


  • ​재조사 결정의 취지 왜곡​: 재조사 결정은 페루 관세당국의 의견을 무조건 수용하라는 의미가 아니라, 제공된 자료의 타당성을 검토하여 원산지 인정 여부를 결정하라는 취지입니다. FTA 규정상 검증 정보가 불충분할 경우 수입 당사국이 특혜관세를 거부할 수 있습니다.


  • ​추가 제출 자료의 신뢰성 부족​: 청구인이 뒤늦게 제출한 운송증 등은 기존에 페루 관세당국이 회신한 공식 자료와 내용이 일치하지 않습니다. 또한, 청구인은 조사 초기에는 공급처별로 물품을 관리한다고 주장하다가, 물량이 부족한 부분이 드러나자 선입선출 방식에 따라 재고를 통합 관리한다고 주장을 변경하여 신뢰할 수 없습니다.



​4. 쟁점 정리​

이 사건의 핵심 ​쟁점​은 ​‘쟁점물품(녹두 8,670kg)이 한-페루 FTA에 따른 협정관세 적용 대상인지 여부’​입니다.


구체적으로는 청구인이 제출한 거래영수증 및 운송증 등의 자료를 통해 ​쟁점물품​의 원산지가 페루산임이 충분히 입증되었는지, 그리고 처분청이 주장하는 거래영수증의 '중복 사용'이 협정관세 적용을 배제할 정당한 사유가 되는지가 문제 됩니다.



​5. 심리 및 판단​

조세심판원은 청구인의 주장이 이유 있다고 보아 ​쟁점처분​을 취소하였습니다. 판단의 주요 근거는 다음과 같습니다.


첫째, 원산지 증명에 있어 대금결제 목적으로 발행되는 ​거래영수증​보다 물품의 ​실제 운송 사실​을 입증하는 ​운송증​이 더 중요한 판단 자료라고 보았습니다.


둘째, 운송증을 기준으로 물량 흐름을 재구성한 결과, 수출자가 두 건의 수출(총 40,000kg)을 위해 공급처로부터 공급받은 물량(총 40,000kg)이 실제 수출 물량과 정확히 일치함을 확인하였습니다. 이는 청구인의 주장처럼 ​쟁점물품​이 정상적인 재고 흐름의 일부로서 수출되었음을 뒷받침합니다.


결론적으로, 처분청이 거래영수증이 중복 사용되었다는 형식적 측면에만 집중하여 ​쟁점물품​의 원산지를 불인정한 것은 잘못이라고 판단했습니다. 실제 물품의 흐름이 운송증을 통해 명확히 증명되는 이상, ​쟁점물품​ 역시 원산지 물품으로 인정하는 것이 타당하다고 결정하였습니다.


​※ 기업 담당자를 위한 시사점​

  1. ​원산지 증빙서류의 통합 관리​: FTA 원산지 증명 시, 단순히 거래영수증(Invoice)이나 원산지증명서뿐만 아니라, 물품의 생산부터 선적까지 전 과정의 ​실물 흐름을 추적할 수 있는 서류(운송증, 재고관리대장, 생산일지 등)를 체계적으로 구비​하고 관리해야 합니다. 이 사건은 실제 물품의 이동을 증명하는 운송증이 결정적인 역할을 했습니다.


  2. ​재고관리 방식의 명확화​: 복수의 공급자로부터 원재료를 공급받아 완제품을 생산·수출하는 경우, ​재고를 통합 관리하는지 또는 분리 관리하는지에 대한 명확한 내부 방침과 이를 입증할 시스템(ERP, 재고수불부 등)을 갖추는 것​이 중요합니다. 세관 조사 시 일관되고 신뢰성 있는 답변을 제시하기 위해 필수적입니다.


  3. ​서류상 불일치에 대한 적극적 소명​: 거래영수증상 물량과 실제 운송 물량이 다르거나, 하나의 거래가 여러 번의 선적으로 나뉘는 경우, 그 사유와 과정을 명확히 소명할 수 있는 ​보충 자료를 사전에 준비​해야 합니다. 서류 간 불일치는 세관의 주요 검증 포인트가 되므로 선제적인 대응이 필요합니다.




​※ 행정소송 제기 시 판례 활용 방안​

위 사안이 행정소송으로 진행되었다고 가정할 경우, 소장이나 준비서면의 작성시, 유리하게 활용할 수 있는 내용들을 정리해 보면 다음과 같습니다.


​1. 실질과세의 원칙에 입각한 원산지 판단의 필요성​

​주장 요지​: 과세관청은 형식적인 서류의 불일치나 흠결만을 이유로 실질적인 거래 사실을 부인해서는 안 되며, 이 사건 역시 실질적인 물품의 흐름에 따라 원산지를 판단해야 합니다.


  • ​구체적 논리​:

  • 처분청은 대금 정산 및 세금계산서의 역할을 하는 '거래영수증(Factura)'이 2건의 수입신고에 사용되었다는 형식적 측면에만 매몰되어 이 사건 처분에 이르렀습니다.

  • 그러나 조세 법률관계에서 과세의 기준이 되는 것은 ​실질적인 경제적 사실관계​이지, 형식적인 서류의 외관이 아닙니다. 이는 관세 부과에 있어서도 마찬가지로 적용되어야 할 대원칙입니다.

  • 이 사건에서 '운송증(Guía de remisión)'은 물품의 생산지부터 수출자의 창고까지, 그리고 창고에서 선적항까지 이어지는 ​실제 물품의 이동(실물 흐름)을 직접적으로 증명​하는 가장 중요한 증거입니다.

  • 운송증에 따르면, 수출자는 쟁점물품과 이의제기 인정물품을 합한 총 40,000kg을 수출하기 위해, 그에 상응하는 총 40,000kg의 녹두를 실제 공급받았음이 명백히 확인됩니다.

  • 따라서 처분청이 실물 흐름이라는 실질을 외면하고 거래영수증이라는 형식에만 얽매여 원산지를 부인한 것은 실질과세의 원칙에 반하는 위법한 처분입니다.



​2. 원산지 입증 증거로서 '운송증'의 우월한 증명력​

​주장 요지​: 원산지 증명에 있어 여러 서류가 제출되었을 때, 각 서류의 성격과 목적에 따라 증명력을 평가해야 하며, 이 사건에서는 '운송증'이 '거래영수증'보다 물품의 동일성 및 원산지를 입증하는 데 있어 더 높은 증명력을 가집니다.


  • ​구체적 논리​:

  • '거래영수증'은 상거래 당사자 간의 대금 결제 및 부가가치세 신고 등을 위한 서류로, 1건의 거래가 여러 차례의 운송으로 분할되거나 여러 거래가 1건의 운송으로 통합될 수 있어 실제 물품의 이동과 반드시 일치하지는 않습니다.

  • 반면, '운송증'은 특정 물품이 특정 경로를 통해 물리적으로 이동했음을 증명하기 위한 서류로, 물품의 실물 흐름을 추적하는 데 있어 가장 직접적이고 객관적인 증거입니다.

  • 조세심판원 역시 "대금결제 및 세금 증빙 목적으로 발행된 거래영수증상 물량보다 실제 운송된 물량을 입증할 수 있는 운송증상 물량이 더 중요한 것으로 보인다"고 판단하여 운송증의 증명력을 더 높게 평가하였습니다. ()

  • 따라서 청구법인은 운송증을 통해 쟁점물품이 A공화국 내에서 생산·수집되어 수출자에 의해 정상적으로 수출되었음을 실질적으로 입증하였으므로, 그 증명책임을 다하였다고 보아야 합니다.



​3. 한-A FTA 상 간접검증 결과의 존중 의무​

​주장 요지​: 한-A FTA와 같이 간접검증 방식을 채택한 협정에서 수출국 관세당국이 원산지를 인정한 검증 결과를 수입국 관세당국은 합리적인 이유 없이 배척할 수 없습니다.


  • ​구체적 논리​:

  • A 관세당국은 3차에 걸친 검증지원정보 회신을 통해, 쟁점물품이 A산 원산지 물품이 맞으며, 처분청이 문제 삼은 거래영수증은 중복 사용이 아니라 정상적인 재고 흐름의 일부임을 일관되게 확인해 주었습니다. ()

  • 간접검증 제도는 수출국 당국의 주권과 전문성을 존중하고, 양국 간 신뢰를 바탕으로 원활한 무역을 촉진하기 위한 핵심적인 FTA 이행 절차입니다.

  • 처분청이 A 관세당국의 검증 결과를 배척하기 위해서는, 그 회신 내용이 명백히 허위라거나 신뢰할 수 없는 객관적인 사정이 있음을 구체적으로 입증해야 합니다.

  • 그러나 처분청은 단지 자신들의 서류상 물량 계산과 맞지 않는다는 이유만으로 A 관세당국의 공식적인 회신 결과를 무시하였는바, 이는 FTA 협정의 취지를 몰각한 재량권의 일탈·남용에 해당합니다.



​결론 및 제언​

위와 같은 법률적 주장을 바탕으로 행정소송을 준비하시되, 각 주장을 뒷받침할 수 있는 판례를 확보하는 것이 승소의 핵심입니다.


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