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전자담배용 니코틴 용액에 대한 개별소비세 등 부과처분 관련 심판청구 결정례 분석

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다음은 제출된 심판청구 결정례(서울세관-조심-2024-139)의 내용을 요약하고, 법률적 쟁점과 시사점을 분석한 내용입니다.


​1. 청구 경위​


청구법인은 2019년 8월부터 2020년 6월까지 중국으로부터 전자담배용 니코틴 용액(이하 ​쟁점물품​)을 수입했습니다.


청구법인은 쟁점물품이 담배의 '줄기'에서 추출된 니코틴으로 제조되어 「담배사업법」상 담배에 해당하지 않으므로 개별소비세 과세대상이 아니라고 판단하고, 부가가치세만 신고·납부했습니다.


그러나 감사원의 감사 결과 통보에 따라 관세청은 관세조사를 지시했고, 처분청(서울세관)은 2020년 8월부터 2024년 9월까지 관세조사를 실시했습니다.

조사 결과, 처분청은 쟁점물품이 담배의 '잎맥'으로 제조되어 과세대상에 해당한다고 보아, 2024년 7월 30일과 2024년 9월 23일 두 차례에 걸쳐 청구법인에게 개별소비세, 부가가치세 및 가산세를 경정·고지하는 처분(이하 ​쟁점처분​)을 했습니다.


청구법인은 이에 불복하여 심판청구를 제기했습니다.




​2. 청구인의 주장​

청구법인은 쟁점처분이 위법·부당하다고 주장하며, 주요 근거는 다음과 같습니다.


  • ​(절차적 하자 ① - 과세전적부심사 청구권 침해)​ 처분청이 약 4년간 조사를 지연하다가 부과제척기간 만료에 임박하여 과세처분을 함으로써, 납세자의 사전적 권리구제 제도인 과세전적부심사 청구권을 실질적으로 침해하여 절차상 중대한 하자가 있습니다.


  • ​(절차적 하자 ② - 중복조사)​ 인천지방국세청이 이미 동일한 수입 건에 대해 과세하고 행정소송이 진행 중임에도 불구하고, 처분청이 다시 관세조사를 재개한 것은 위법한 중복조사에 해당합니다.


  • ​(실체적 하자 - 실질과세 원칙 위반)​ 청구법인은 실제 화주가 아닌, E사의 지시에 따라 수입을 대행한 명의자에 불과합니다. 수출자와의 교섭, 대금 결제, 수입으로 인한 이익의 귀속 등 모든 실질적인 권한과 책임은 E사에게 있었으므로, ​실질과세의 원칙​에 따라 실제 납세의무자는 E사가 되어야 합니다. 청구법인은 수입대행 수수료 또는 임가공비 성격의 미미한 이익만을 얻었을 뿐입니다.




​3. 처분청의 주장​

처분청은 쟁점처분이 적법하다고 주장하며, 청구인의 주장을 다음과 같이 반박했습니다.


  • ​(절차적 정당성 ① - 과세전적부심사)​ 부과제척기간 만료가 3개월 이내로 임박한 경우 과세전통지를 생략할 수 있다는 「관세법」 규정에 따른 적법한 처분이었습니다. 또한, 과세전적부심사 청구 중이라도 제척기간 만료가 임박하면 과세처분을 할 수 있도록 「관세법 시행령」이 개정되었으므로 절차적 하자가 없습니다.


  • ​(절차적 정당성 ② - 중복조사 아님)​ 처분청의 관세조사는 국세청의 세무조사와 과세기간 및 과세대상물품이 달라 중복조사에 해당하지 않습니다. 설령 중복조사로 볼 여지가 있더라도, 감사원의 감사 결과에 따른 조세탈루 혐의가 명백한 경우이므로 예외적으로 허용되는 재조사입니다.


  • ​(실체적 정당성 - 청구법인이 실제 납세의무자)​ 청구법인이 직접 수입 발주를 하고, 모든 수입신고 서류에 거래당사자로 기재되어 있으며, 수입대금을 직접 지급했습니다. 또한, 3년 이상 자신을 납세의무자로 신고해왔고, E사와의 계약은 일반적인 OEM 공급계약일 뿐 수입대행 관계로 볼 수 없습니다. 이익률의 차이는 각자의 역할과 위험 부담의 차이에서 비롯된 것이므로, 청구법인이 실제 화주이자 납세의무자임이 명백합니다.




​4. 쟁점 정리​

본 심판청구의 주요 쟁점은 다음과 같습니다.

  1. 심판청구가 청구기간을 도과하여 부적법한지 여부

  2. 과세전적부심사 기회를 부여하지 않은 것이 절차상 중대한 하자에 해당하는지 여부

  3. 처분청의 관세조사가 중복조사에 해당하는지 여부

  4. 쟁점물품의 실제 납세의무자가 청구법인이 맞는지 여부 (실질과세 원칙)

  5. (직권심리) 납부지연가산세 부과의 적정성 여부




​5. 심리 및 판단​

조세심판원은 각 쟁점에 대해 다음과 같이 판단했습니다.


  • ​(청구기간)​ 청구인이 심판청구서에 일부 내용을 오기했으나, 처분 공문 번호가 기재되어 있고 불복 대상이 명확하므로 단순 착오를 수정한 것으로 보아 ​적법한 청구​로 인정했습니다.


  • ​(절차적 하자)​ 「관세법」은 부과제척기간이 임박한 경우 과세전통지를 생략할 수 있는 명시적 예외규정을 두고 있으므로, 이를 근거로 한 쟁점처분은 ​절차상 하자가 없다​고 판단했습니다. 청구인이 인용한 판례(대법원 2016.4.15. 선고 2015두52326 판결, 대법원 2016.12.27. 선고 2016두49228 판결)는 국세기본법을 전제로 한 것으로, 관세법이 우선 적용되는 이 사건에 그대로 적용하기 어렵다고 보았습니다.


  • ​(중복조사)​ 국세청의 조사와 과세기간이 달라 ​중복조사에 해당하지 않는다​고 판단했습니다.


  • ​(실제 납세의무자)​ 청구법인이 수입신고의 화주로서 모든 수입 절차를 직접 수행했고, OEM 계약은 독립된 경제 주체 간의 거래 방식일 뿐이므로, 청구법인을 ​실제 납세의무자로 본 처분은 정당하다​고 판단했습니다. 이익 귀속 관계 역시 각자의 위험 부담과 역할에 따른 결과로 보았습니다.


  • ​(납부지연가산세 - 직권판단)​ 다만, 처분청이 과세 가능성을 인지하고도 약 3년 이상 합리적 이유 없이 조사를 중지하는 등 장기간 조치를 지연한 점을 지적했습니다. 이는 미납의 귀책사유가 전적으로 납세자에게만 있다고 보기 어려우므로, ​처분청의 조사 중지 기간(2021.2.10.부터 처분일까지)에 대한 납부지연가산세는 부과하지 않는 것​이 타당하다고 결정했습니다.


​결론적으로, 원처분은 유지하되 납부지연가산세의 일부를 감액하도록 경정 결정했습니다.




​​기업 담당자를 위한 시사점​


  1. ​계약 형태와 실질의 일치 중요성​: 수입대행이나 OEM 계약을 체결할 경우, 계약서상 명의와 실제 거래의 주체가 다를 때 과세 문제가 발생할 수 있습니다. 과세관청은 수입신고서, 대금 지급 내역, 수출자와의 교섭 등 객관적 증빙을 통해 실질적인 화주를 판단합니다. 단순히 '수입대행' 계약이라는 명칭만으로는 납세의무를 면하기 어려우므로, 거래의 실질을 명확히 반영하는 계약 구조와 증빙 관리가 필수적입니다.


  2. ​과세관청의 조사 지연과 가산세​: 과세관청의 조사 절차가 장기간 지연되더라도 본세 자체를 면하기는 어렵습니다. 하지만 본 결정례와 같이 처분청의 귀책사유로 조사가 지연된 경우, 그 기간 동안 발생한 ​납부지연가산세​에 대해서는 감면을 주장해볼 수 있습니다. 조사 중지 및 재개 통보 등 관련 문서를 철저히 관리하여 대응 근거로 활용해야 합니다.


  3. ​절차적 권리의 예외 규정 숙지​: 과세전적부심사와 같은 납세자의 절차적 권리는 중요하지만, 부과제척기간 임박 등 법률상 예외 사유가 존재합니다. 따라서 무조건 절차적 하자를 주장하기보다, 해당 예외 규정이 적법하게 적용되었는지를 면밀히 검토하는 것이 중요합니다.



​행정소송 제기 시 유리한 판례 및 분석​

청구인이 심판 결과에 불복하여 행정소송을 제기할 경우, 심판 단계에서 받아들여지지 않은 ​'실질과세의 원칙'​을 다시 한번 핵심 쟁점으로 다투어야 합니다. 이를 위해 본 결정례에서도 언급된 아래 판례를 적극적으로 활용할 수 있습니다.


  • ​대법원 2003.4.11. 선고 2002두8442 판결

  • ​판례 핵심​: 수입물품의 실제 소유자(실질적 납세의무자)를 판단할 때는 단순히 수입신고 명의인만을 기준으로 할 것이 아니라, ①수출자와의 교섭, ②대금 결제 등 수입 절차 관여 방법, ③수입 화물의 국내 처분·판매 방법, ④수입으로 인한 이익의 실질적 귀속 관계 등을 종합적으로 고려하여야 한다는 법리를 제시했습니다.

  • ​소송에서의 활용 전략 분석​ 심판원은 청구법인이 수입 서류상의 당사자라는 형식적 측면에 무게를 두고 판단했으나, 행정소송에서는 위 대법원 판례의 취지에 따라 ​거래의 '실질'​을 더욱 강조해야 합니다.


이를 위해, 청구법인은 E사가 사실상 모든 것을 결정하고 통제했다는 점을 입증하는 데 주력해야 합니다. 예를 들어, ▲수출자와의 가격 및 조건 협상을 E사가 주도했다는 증거(이메일, 회의록 등), ▲청구법인의 계좌가 단순히 대금 지급을 위한 도관(conduit)으로 사용되었을 뿐 실질적인 자금원은 E사였다는 금융 흐름 증빙, ▲청구법인이 얻은 이익이 독립된 사업자의 이윤이 아닌 고정된 수수료에 불과했다는 점을 보여주는 정산 내역 등을 구체적으로 제시해야 합니다.


즉, 법원에서 "청구법인은 경제적 위험과 이익을 부담하는 독립된 사업자가 아니라, E사의 지시에 따라 움직이는 대리인 또는 도구에 불과했다"는 점을 인정받는다면, 심판 결정과 달리 실질과세 원칙에 따라 E사에게 납세의무가 있다는 판결을 이끌어낼 가능성이 있습니다.


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